Matrix Revolutions izle, insanlık ve makineler arasındaki destansı mücadelenin çarpıcı bir finalini sunar. Zion, makinelerin devasa bir istilasına karşı savaş verirken, Neo da gerçek dünyada ve Matrix'in içinde kaderini belirleyecek son bir görevle yüzleşir.
Film, Neo'nun kendini bilinmeyen bir dünyada, bir tür dijital bekleme odasında bulmasıyla başlar. Morpheus ve Trinity, Neo'yu bu tutsaklıktan kurtarmak için son derece tehlikeli bir kurtarma operasyonu düzenler. Neo’nun özgürleşmesiyle birlikte, hem insanlığın hem de makinelerin geleceğini belirleyecek son savaşın vakti gelir.
Bu sırada, Ajan Smith, Matrix'in kurallarını aşarak tehlikeli bir şekilde güçlenir ve kontrolsüz bir tehdit haline gelir. Smith, hem Matrix hem de gerçek dünya için büyük bir tehlike oluşturmaktadır. Neo, bu güçlü düşmanı durdurmak için Matrix'e geri dönmek zorundadır.
Zion’da ise makinelerin istilasına karşı verilen mücadele, insanların direniş gücünü ve fedakarlıklarını gözler önüne serer. Makine ordusunun durdurulamaz ilerleyişi karşısında, Zion halkı, hayatta kalabilmek için cesaretlerini ve dayanıklılıklarını sınamak zorunda kalır.
Neo'nun makinelerle yaptığı son anlaşma, insanlık ve makineler arasında geçici bir barış sağlama potansiyeli taşır. Ancak bu, onun büyük bir fedakarlık yapmasını gerektirir. Film, Neo’nun Ajan Smith ile olan son karşılaşması ve insanlık için yaptığı fedakarlıkla unutulmaz bir sona ulaşır.